É obrigatória a notificação dos acusados quando a comissão convoca testemunhas para depoimento?

Sim. Uma vez intimada a testemunha, deve-se notificar o acusado acerca dessa oitiva, com o prazo de três dias úteis de antecedência, para que, caso queira, acompanhe o ato. Destaque-se que, havendo mais de um acusado, sendo a oitiva solicitada por um deles, deve-se notificar também os demais acusados.

A ausência à oitiva de acusado (e/ou de seu procurador) regularmente notificado não impede a realização do ato.
 
Lei nº 9.784, de 29/01/99
Art. 41. Os interessados serão intimados de prova ou diligência ordenada, com antecedência mínima de três dias úteis, mencionando-se data, hora e local de realização
 
Parecer-AGU nº GQ-37, vinculante: “Ementa: O servidor envolvido na prática de infrações disciplinares, objeto de processo administrativo, há de ser notificado a respeito dos depoimentos das testemunhas, em consequência de o inquérito jungir-se ao princípio do contraditório”.